Обратитесь к этой статье, чтобы создать многослойный PDF в C#. В ней содержатся детали настройки IDE, список шагов и пример кода для добавления слоёв в PDF в C#....новый документ Создайте два layers на странице, задав разные имена...вызовите метод save в классе Layer, чтобы не все слои копировались...